মাদরাসাটি ১৯৩৫ সালে ফোরকানিয়া মাদ্রাসা হিসাবে ঐতিহাসিক দেবী চৌধুরানী এলাকায় প্রথমে চালু হয়। একদা ফুরফুরার পীর ফাতেহ আলী ওয়ায়েসী (রহঃ)  উক্ত মাদ্রাসার সূচনা লগ্নে আগমন করেন। তার ভক্ত মরহুম হাজী ছফির উদ্দিন আহমেদ বসুনিয়া, আজিজুল হক চৌধুরী, মোহাম্মদ আলী খলিফা, আনিসুল হক মাস্টারসহ চেীধুরাণী এলাকার কিছু ব্যক্তি এ ফাযিল মাদ্রাসাটির নাম পীর সাহেব ফতেহ আলী (রহঃ) নামে মানামকরণ করেন। মাদ্রাসাটি ১৯৫৭ সালে দাখিল, ১৯৬৩ সালে আলিম এবং ১৯৬৯ সালে ফাযিল খোলার অনুমতি পায়। মাদ্রাসাটি বর্তমানে ফাযিল পর্যন্ত এমপিওভুক্ত।